Análisis CA125 y cambio de calidad de vida

Author

Agustín Fernández Cisnal

Published

May 14, 2023

Agradecimientos a Pedro López Ayala por el desarrollo de Quarto Template.

Preprocesado

Se modifican la variables Fried a 3 meses y a 1 año asignándose el valor 6 a aquellos fallecidos en ese período.

Pacientes con Fried.3M.exitus igual a 6: 9

Pacientes con Fried.1a.exitus igual a 6: 28

Se agrupan las variables de la base de datos en:

Nombres Valores
variables_demograficas PAC, nombre, SIP, n.paciente
variables_clinicas_basales Sexo.hombre.1.mujer.0, Edad, Peso, Talla, IMC, HTA, DLP, DM, Tabaco, Arteriopatia.Periferica, ACV, Dialisis, IAM, ACTP.Angioplastia.coronaria.transluminal.percutanea, CABG.baypass.coronario, Iqx.valvular, CCS, NYHA, rs, FA.flu, Marcapasos.pre.TAVI, PR, QRS, BCRDHH, BCRIHH, Cate.n.vasos, Cate.enf.TCI, FA, Enfermedad.coronariaria.obstructiva, angina, Revascularizacion, FEVI_50
variables_tratamiento_basal Dosis.de.furosemida.previa, MG.furosemida.total.pre, furosemida.IV, antiadlosteronico, IECA, betas, Hierro.IV
variables_analitica_basal Creatinina.basal, eGFR.basal, NA.basal, K.basal, HB.basal, Ferritina.basal, IST.basal, Leucos.basal, NTproBNP.basal, CA125.basal, PCR.basal, albumina.basal
variables_analitica_pre CA125.pre, Cambio.de.CA125, creatinina.pre, FG.pre, Nt.ProBNP.pre, NA.pre, K.pre, eGFR.pre
variables_imagen FEVI.pre, Ao.bicuspide, G.Max.pre, G.med.pre, area.valvular.eco, IM.pre, Iao.pre, PSAP.pre, TAC.area.anillo, TAC.diam.anillo, TAC.diam.femoral
variables_fragilidad_basal Fried.pre, Euroscore.II.pre, C..frailty.Scale.pre, STS.pre, Euroscore.Iog.pre, Charlson.pre
variables_calidad_de_vida Physical.Limitation…62, Total.Symptom…63, Qof.Life…64, Social.Limitation…65, Overall.Summary.basal, Clinical.Summary…67, Physical.Limitation…125, Total.Symptom…126, Qof.Life…127, Social.Limitation…128, Overall.Summary.3M, Clinical.Summary…130, Physical.Limitation…147, Total.Symptom…148, Qof.Life…149, Social.Limitation…150, Overall.Summary.1a, Clinical.Summary…152, Cambio.de.QoL, Cambio.de.QoL.ordinal, Cambio.de.QoL.binaria, Cambio.de.QoL.1a, Cambio.de.QoL.1a.ordinal, Cambio.de.QoL.1a.binaria
variables_tratamiento_procedimiento Fecha.AS, Fecha.implante, Tiempo.AS.Implante, Tiempo.inclusion.implante, tipo.protesis.balon.0.autoexp.1, modelo, tamano, predilatacion, postdilatacion, Iao.angiografico, accesofemoral.1, cierre.proglide.0.quirurgico.1, comp.vascular.mayor, sangrado.mayor, obstruccion.coronaria, shock.cardio, Marcapasos.post.TAVI
variables_resultados_seguimiento_hospital exitus.hospitalario, fecha.exitus.hospitalario, fecha.alta, Estancia.hospitalaria, duracion.ingreso, FEVI.alta, Iao.alta, G.Max.alta, G.medio.alta, IM.alta
variables_resultados_seguimiento_3M fecha.seguimiento.3M, Tiempo.seguimiento.3M, exitus.3M, exitus.cardiaco.3M, reingreso.por.IC.3M, reingreso.por.cualquier.causa.3Meses, NYHA.3.meses, CA125.3M, Creatinina.3M, FG.3M, NT.ProBNP.3M, Fried.3M, C..Frailty.Scale.3M
variables_resultados_seguimiento_1a fecha.seguimiento.1.ano, Tiempo.seguimiento.1.ano, exitus.1a, exitus.cardiaco.1a, reingreso.por.IC.1a, reingreso.por.cualquier.causa.1a, NYHA.1a, CA125.1a, Creatinina.1a.mg.dl, FG.1a, NT.ProBNP.1a, Fried.1a, C..Frailty.Scale.1a
variables_fried Fried.3M.exitus, Fried.1a.exitus
variables_adicionales f..Inclusion, Cambio.de.CA125, Grupo_CA125, CA.basal.mayor.que.35, cambio_porcentual_CA125, Cambio.de.QoL, Cambio.de.QoL.ordinal, Cambio.de.QoL.binaria, Cambio.de.QoL.1a, Cambio.de.QoL.1a.ordinal, Cambio.de.QoL.1a.binaria, FA, Enfermedad.coronariaria.obstructiva, Fried.pre.dicotomica, C..frailty.Scale.pre.dicotomica, angina, Revascularizacion, FEVI_50, MG.furosemida.total.pre, furosemida.IV, antiadlosteronico, IECA, betas, Hierro.IV
variables_con_valores_perdidos PSAP.pre, Physical.Limitation…62, Total.Symptom…63, Qof.Life…64, Social.Limitation…65, Overall.Summary.basal, Clinical.Summary…67, fecha.exitus.hospitalario, fecha.seguimiento.3M, Tiempo.seguimiento.3M, exitus.cardiaco.3M, fecha.exitus.3M, reingreso.por.IC.3M, fecha.ingreso.IC.3.meses, reingreso.por.cualquier.causa.3Meses, fecha.reingreso.cualquier.causa.3M, NYHA.3.meses, Creatinina.3M, FG.3M, NT.ProBNP.3M, Fried.3M, C..Frailty.Scale.3M, Physical.Limitation…125, Total.Symptom…126, Qof.Life…127, Social.Limitation…128, Overall.Summary.3M, Clinical.Summary…130, fecha.exitus.1a, fecha.ingreso.IC.1a, fecha.reingreso.cualquier.causa.1a, NYHA.1a, Creatinina.1a.mg.dl, FG.1a, NT.ProBNP.1a, Fried.1a, C..Frailty.Scale.1a, Physical.Limitation…147, Total.Symptom…148, Qof.Life…149, Social.Limitation…150, Overall.Summary.1a, Clinical.Summary…152, Cambio.de.QoL, Cambio.de.QoL.ordinal, Cambio.de.QoL.1a, Cambio.de.QoL.1a.ordinal, angina, Fried.3M.exitus
v_analisis Sexo.hombre.1.mujer.0, Edad, Peso, Talla, IMC, HTA, DLP, DM, Tabaco, Arteriopatia.Periferica, ACV, Dialisis, IAM, ACTP.Angioplastia.coronaria.transluminal.percutanea, CABG.baypass.coronario, Iqx.valvular, CCS, NYHA, rs, FA.flu, Marcapasos.pre.TAVI, PR, QRS, BCRDHH, BCRIHH, Cate.n.vasos, Cate.enf.TCI, FA, Enfermedad.coronariaria.obstructiva, angina, Revascularizacion, FEVI_50, Dosis.de.furosemida.previa, MG.furosemida.total.pre, furosemida.IV, antiadlosteronico, IECA, betas, Hierro.IV, Creatinina.basal, eGFR.basal, NA.basal, K.basal, HB.basal, Ferritina.basal, IST.basal, Leucos.basal, NTproBNP.basal, CA125.basal, PCR.basal, albumina.basal, CA125.pre, Cambio.de.CA125, creatinina.pre, FG.pre, Nt.ProBNP.pre, NA.pre, K.pre, eGFR.pre, FEVI.pre, Ao.bicuspide, G.Max.pre, G.med.pre, area.valvular.eco, IM.pre, Iao.pre, PSAP.pre, TAC.area.anillo, TAC.diam.anillo, TAC.diam.femoral, Fried.pre, Euroscore.II.pre, C..frailty.Scale.pre, STS.pre, Euroscore.Iog.pre, Charlson.pre, Fried.3M.exitus, Fried.1a.exitus
v_analisis_final Sexo.hombre.1.mujer.0, Edad, Peso, Talla, IMC, HTA, DLP, DM, Tabaco, Arteriopatia.Periferica, ACV, Dialisis, IAM, ACTP.Angioplastia.coronaria.transluminal.percutanea, CABG.baypass.coronario, Iqx.valvular, CCS, NYHA, rs, FA.flu, Marcapasos.pre.TAVI, PR, QRS, BCRDHH, BCRIHH, Cate.n.vasos, Cate.enf.TCI, FA, Enfermedad.coronariaria.obstructiva, angina, Revascularizacion, FEVI_50, Dosis.de.furosemida.previa, MG.furosemida.total.pre, furosemida.IV, antiadlosteronico, IECA, betas, Hierro.IV, Creatinina.basal, eGFR.basal, NA.basal, K.basal, HB.basal, Ferritina.basal, IST.basal, Leucos.basal, NTproBNP.basal, CA125.basal, PCR.basal, albumina.basal, FEVI.pre, Ao.bicuspide, G.Max.pre, G.med.pre, area.valvular.eco, IM.pre, Iao.pre, PSAP.pre, TAC.area.anillo, TAC.diam.anillo, TAC.diam.femoral, Fried.pre, Euroscore.II.pre, C..frailty.Scale.pre, STS.pre, Euroscore.Iog.pre, Charlson.pre, Fried.1a.exitus

Missings

Variables clínicas basales

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage
angina 155 74.87923

En el grupo de variables clinicas basales las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: Sexo.hombre.1.mujer.0, Edad, Peso, Talla, IMC, HTA, DLP, DM, Tabaco, Arteriopatia.Periferica, ACV, Dialisis, IAM, CABG.baypass.coronario, Iqx.valvular, CCS, NYHA, rs, FA.flu, Marcapasos.pre.TAVI, PR, QRS, BCRDHH, BCRIHH, FA, FEVI_50

Variables de imagen

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage
PSAP.pre 88 42.51208

En el grupo de variables de imagen las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: FEVI.pre, Ao.bicuspide, G.Max.pre, G.med.pre, IM.pre, Iao.pre, TAC.area.anillo, TAC.diam.anillo, TAC.diam.femoral

Variables de tratamiento basal

En el grupo de variables de tratamiento basal ninguna variable presentó valores perdidos.

Dosis.de.furosemida.previa, MG.furosemida.total.pre, furosemida.IV, antiadlosteronico, IECA, betas, Hierro.IV

Variables analítica pre

En el grupo de variables analítica pre ninguna variable presentó > 5% de valores perdidos

En el grupo de variables analíticas pre las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: CA125.pre, Cambio.de.CA125

Variables analítica basal

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage

En el grupo de variables de analítica basal las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: Creatinina.basal, eGFR.basal, NA.basal, K.basal, HB.basal, Ferritina.basal, IST.basal, NTproBNP.basal, CA125.basal, PCR.basal, albumina.basal

Variables de imagen

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage
PSAP.pre 88 42.51208

En el grupo de variables de imagen las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: FEVI.pre, Ao.bicuspide, G.Max.pre, G.med.pre, IM.pre, Iao.pre, TAC.area.anillo, TAC.diam.anillo, TAC.diam.femoral

Variables de fragilidad basal

En el grupo de variables de tratamiento basal ninguna variable presentó valores perdidos.

Fried.pre, Euroscore.II.pre, C..frailty.Scale.pre, STS.pre, Euroscore.Iog.pre, Charlson.pre

Variables de calidad de vida

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage
Social.Limitation…128 48 23.188406
Physical.Limitation…125 44 21.256039
Cambio.de.QoL 44 21.256039
Total.Symptom…126 43 20.772947
Qof.Life…127 43 20.772947
Clinical.Summary…130 43 20.772947
Cambio.de.QoL.ordinal 42 20.289855
Overall.Summary.3M 37 17.874396
Cambio.de.QoL.1a 31 14.975845
Social.Limitation…65 28 13.526570
Cambio.de.QoL.1a.ordinal 27 13.043478
Physical.Limitation…62 26 12.560386
Total.Symptom…63 25 12.077295
Qof.Life…64 25 12.077295
Overall.Summary.basal 25 12.077295
Clinical.Summary…67 25 12.077295
Social.Limitation…150 21 10.144927
Physical.Limitation…147 16 7.729469
Overall.Summary.1a 16 7.729469
Clinical.Summary…152 16 7.729469
Total.Symptom…148 15 7.246377
Qof.Life…149 15 7.246377

En el grupo de variables de calidad de vida todas las variables no tuvieron valores perdidos

Variables de tratamiento y procedimiento

En el grupo de variables de tratamiento basal ninguna variable presentó valores perdidos.

Fecha.AS, Fecha.implante, Tiempo.AS.Implante, Tiempo.inclusion.implante, tipo.protesis.balon.0.autoexp.1, modelo, tamano, predilatacion, postdilatacion, Iao.angiografico, accesofemoral.1, cierre.proglide.0.quirurgico.1, comp.vascular.mayor, sangrado.mayor, obstruccion.coronaria, shock.cardio, Marcapasos.post.TAVI

Variables de seguimiento a 3 meses

Nota

Se filtran los pacientes por aquellos que sobrevivieron a los 3 meses.

n= 197

Exitus= 9

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage
fecha.seguimiento.3M 33 16.75127
Tiempo.seguimiento.3M 33 16.75127
NT.ProBNP.3M 33 16.75127
Creatinina.3M 32 16.24365
FG.3M 32 16.24365
Fried.3M 32 16.24365
C..Frailty.Scale.3M 32 16.24365
NYHA.3.meses 29 14.72081
reingreso.por.cualquier.causa.3Meses 28 14.21320
reingreso.por.IC.3M 27 13.70558
exitus.cardiaco.3M 26 13.19797

En el grupo de variables de seguimiento a 3 meses las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: exitus.3M, CA125.3M

Variables de seguimiento a 1 año

Se filtran los pacientes por aquellos que sobrevivieron a 1 año.

Note

n= 178

Exitus= 28

Ninguna variable tuvo > 5% de valores perdidos

En el grupo de variables de seguimiento a 1 año las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: exitus.1a, exitus.cardiaco.1a, reingreso.por.IC.1a, CA125.1a

Variables predictoras y endpoints

Variables con > 5% de valores perdidos
Variable n Percentage
angina 155 74.87923
PSAP.pre 88 42.51208
Fried.3M.exitus 33 15.94203

En el grupo de variables predictoras y endpoints las siguientes variables no presentaron ningún valor perdido: Sexo.hombre.1.mujer.0, Edad, Peso, Talla, IMC, HTA, DLP, DM, Tabaco, Arteriopatia.Periferica, ACV, Dialisis, IAM, CABG.baypass.coronario, Iqx.valvular, CCS, NYHA, rs, FA.flu, Marcapasos.pre.TAVI, PR, QRS, BCRDHH, BCRIHH, FA, FEVI_50, Dosis.de.furosemida.previa, MG.furosemida.total.pre, furosemida.IV, antiadlosteronico, IECA, betas, Hierro.IV, Creatinina.basal, eGFR.basal, NA.basal, K.basal, HB.basal, Ferritina.basal, IST.basal, NTproBNP.basal, CA125.basal, PCR.basal, albumina.basal, CA125.pre, Cambio.de.CA125, FEVI.pre, Ao.bicuspide, G.Max.pre, G.med.pre, IM.pre, Iao.pre, TAC.area.anillo, TAC.diam.anillo, TAC.diam.femoral, Fried.pre, Euroscore.II.pre, C..frailty.Scale.pre, STS.pre, Euroscore.Iog.pre, Charlson.pre

Umbral Variables excluidas n % casos completos n n casos excluidos
1% valores perdidos angina, Leucos.basal, PSAP.pre 3 97.10 201 5
2% valores perdidos angina, PSAP.pre 2 95.65 198 8
5% valores perdidos angina, PSAP.pre 2 95.65 198 8
10% valores perdidos angina, PSAP.pre 2 95.65 198 8
20% valores perdidos angina, PSAP.pre 2 95.65 198 8

Conclusiones

  1. Las variables angina y PSAP.pre presentan porcentajes de valores perdidos > 50% por lo que no son susceptibles de imputación y no se utilizarán en el análisis.

  2. El seguimiento a 3 meses tiene 16% de datos perdidos, mientras que al año es solo del 3%. Se utilizará el seguimiento a un año.

  3. Las variables analíticas “pre” tienen mas datos perdidos, por lo que se utilizarán las analíticas basal.

  4. Se exlcuyen las variables con un >1% de datos perdidos: angina, Leucos.basal y PSAP.pre.

  5. Se obtiene un 97.1% de casos completos con solo 5 casos excluidos.