Wiek zmarłych z powodu COVID19

Dane

Dane pobrane ze strony https://basiw.mz.gov.pl/index.html#/visualization?id=3761 są w wybitnie dziwnym formacie:

• Ni to indywidualne ni to pogrupowane, bo jeżeli zmarły miał tą samą płeć, wiek, powiat, dzień zgonu, choroby współistniejące, obniżoną odporność oraz status względem szczepienia, to pole `liczba_zaraportowanych_zgonow’ > 1 (no bo przez czysty przypadek takich w powiecie tego dnia zmarło dwóch, albo trzech); Nigdy bym nie wpadł, że tak można komplikować życie. Ale dla geniuszy z MZ nie ma rzeczy niemożliwych

• w zasadzie są bez polskich znaków (np pelna_dawka) ale uzupełniająca już ma jakieś diakrytyki oczywiście nie UTF8 tylko pewnie wg Windzianego układu CP1250. Uwaga: w wersji pobranej w 2021-12-24 nie ma już diakrytyków uzupelniajaca zamiast uzupełniająca.

• Status względem szczepień (kolumna dawka_ost) podaje taką informację: jedna_dawka, pelna_dawka, przypominajaca, uzupełniająca. Oraz nic nie zawiera co zapewne oznacza, że nie szczepiony. Mnie uczyli że żadna rubryka nie powinna być pusta: nie szczepienie powinni być jawnie oznaczeni. Zresztą tak jest w kolumnie w_pelni_zaszczepiony, która zawiera T/N a przecież mogłaby zawierać T i nic…

Niestety już na dzień dobry można się zorientować że ten kto te dane gromadzi, no wygląda na dyletanta. Jednego z wielu, którzy się kręcą wokół tej pandemii…

Plik poprawiono (za pomocą prostego skryptu w Perlu) w ten sposób, że wiersze w których liczba_zaraportowanych_zgonow > 1, zostały stosowną liczbę razy powtórzone.

Cały rok

Średnie wieku zmarłych wg tygodni (10% oznacza pierwszy decyl zmarłych, a 25% pierwszy kwartyl); Linie są wyznaczone metodą wygładzania LOESS

Średnia wieku 63770 zmarłych to 75.2 lat.

Liczba zmarłych wg tygodni. W szczególności w tych tygodniach, w których średnie wieku zmarłych były względnie niskie (32–36) liczba zgonów też była niska.

Liczba zmarłych w podziale na ogółem i tych w wieku 50 lat i mniej:

Czwarta fala

W dalszej części analizujemy tylko dane dla tzw. 4-tej fali porównując zaszczepionych i nie zaszczepionych. Nie analizujemy początku roku, bo tam zaszczepionych było mało, potem było wygaszenie pandemii. Od 35 tygodnia (który zaczynał się 30-08-2021) liczba zgonów rośnie a jednocześnie już wględnie znaczący odsetek populacji jest już zaszczepiony (około 50%)

Definiujemy 3 grupy wieku 0–39, 40–59, 60 i więcej. Szczepionych dzielimy na 3 grupy: nieszczepionych wcale (0 dawek), raz szczepionych oraz dwa lub więcej razy szczepionych:

## tylko 4 fala 
d4 <- d0 %>% filter (as.numeric(week) >= first.week ) %>%
## recode dawka
  mutate(dawka_ost=fct_recode(dawka_ost,
    '1' = 'jedna_dawka',
    '2' = 'pelna_dawka',
    '2' = 'przypominajaca',
    #'2' = 'uzupe\xb3niaj\xb9ca',
    '2' = 'uzupelniajaca',
    '0' = '')) %>%
  ## recode age
  mutate(grupa_wieku = case_when(
    vek  < 40 ~ "<40]",
    vek >= 40 & vek < 60 ~ "40-60]",
    vek >= 60 ~ "60>"  ))

lzgonow <- nrow(d4)

Liczba zgonów w tak zdefiniowanym okresie (tj od 35 tygodnia) wyniosła 17512.

Zależność wiek a zaszczepienie (0 oznacza że nie był zaszczepiony):

	<40]	40-60]	60>	Sum
0	1.4218821	7.7603929	62.191640	71.373915
1	0.0399726	0.0799452	1.359068	1.478986
2	0.1256281	1.3990407	25.622430	27.147099
Sum	1.5874829	9.2393787	89.173138	100.000000

Zwróćmy uwagę, że 62.2% zgonów (od 35 tygodnia 2021 przypominam), to osoby niezaszczepione w wieku 60 lat i więcej. Warto też zwrócić uwagę, że na tę grupę wieku przypada 89.2% wszystkich zgonów.

Średni wiek w grupach niezaszczepionych (dawka_ost = 0) oraz tych zaszczepionych dwa lub więcej razy (dawka_ost = 2):

grupa_wieku	dawka_ost	średnia	mediana	n
<40]	0	32.34940	34	249
<40]	2	33.45455	35	22
40-60]	0	51.57763	52	1359
40-60]	2	52.94286	54	245
60>	0	78.67184	80	10891
60>	2	78.23156	78	4487

Pomijamy tych z jedną dawką bo nie wiadomo jak ich traktować i jest ich względnie mało:

d4.jednadawka <- d4 %>% filter (dawka_ost == 1)
lz.jednadawka <- nrow(d4.jednadawka)

konkretnie jest ich 259 czyli 1.4789858%.

Zatem w dalszej części analizy porównujemy zaszczepionych co najmniej dwa razy oraz nie zaszczepionych wcale. Tych co raz szczepieni pomijamy.

Tak zdefiniowana grupa liczy 17253 zmarłych. Średnia wieku w tej grupie to 75.3 lat. (Dla przypomnienia w całym roku było to 75.2 czyli praktycznie to samo)

Zgony wg grup wieku (stała skala w poszczególnych grupach wiekowych)

To samo co na poprzednim, ale różna skala w poszczególnych grupach wiekowych:

Zmarli bez chorób współistniejących

W kolejnej części analizy porównujemy dane dla 4-tej fali porównując zaszczepionych co najmniej podwójnie i nie zaszczepionych wcale w grupie tych, dla których wyłączną przyczyną zgonu był COVID19 (tzw. zmarli bez chorób współistniejących):

Tak zdefiniowana grupa liczy 4750 zmarłych. Średnia wieku w tej grupie to 73.7357895.

Zależność wiek a zaszczepienie (w grupie bez chorób współistniejących):

	<40]	40-60]	60>	Sum
0	2.0421053	10.673684	62.56842	75.28421
2	0.2105263	1.368421	23.13684	24.71579
Sum	2.2526316	12.042105	85.70526	100.00000

Test chi²

## 
##  Pearson's Chi-squared test
## 
## data:  deaths.table
## X-squared = 79.764, df = 2, p-value < 0.00000000000000022